Был основан в начале XIII века великим князем Владимирским Всеволодом Большое Гнездо по настоянию его жены, великой княгини Марии Шварновны. Неоднократно был разорён, страдал от пожаров. В XX веке был закрыт, возрождение обители началось в 1993 году.
Монастырь впервые упоминается в 1200 году. Получил название Княгинин в честь великой княгини Марии Шварновны, которая на протяжении семи лет тяжело болела и желала последние дни жизни посвятить Богу служением в монастыре, приняла в 1206 году постриг в этом монастыре с именем Мария и схиму с именем Марфа, пробыв в монастыре 18 дней до своей кончины. Изначально монастырь был задуман как родовая усыпальница княгинь и княжон Владимирского великокняжеского дома.
В XIII веке здесь были погребены сама Мария Шварновна, её сестра Анна, дочь Всеволода III и Марии Шварновны — Елена, позднее — супруга Александра Невского Александра (в монашеском постриге — Васса) и его дочь Евдокия (находятся под спудом в Христорождественском приделе Успенского собора).
6 марта 1230 года великим князем Владимирским Юрием (Георгием) Всеволодовичем в монастырь были перенесены и погребены мощи святого мученика Авраамия Болгарского.
Центром ансамбля монастыря является Успенский собор, построенный в первые годы XVI века по образу и подобию своего предшественника (сохранились нижние части стен древнего храма).
Над его фасадными закомарами возвышается прямоугольный постамент, в свою очередь обработанный килевидными кокошниками; венок меньших кокошников положен в основании барабана главы.
Собор знаменит фресками 1648 года, над которыми работали московские изографы под руководством Марка Матвеева.
Монастырь был закрыт в 1923 году. В 1986 году в монастыре расположился атеистический музей.
Действующим монастырь вновь стал в 1992 году. В 1997 году при монастыре открыта регентская школа.
В 2008 году освящён придел Казанского храма в честь святителя Иоанна Златоустого.
